1808-1839 yılları arasında II. Mahmut döneminde Vakıflı köyünün arazileri Yoğunoluk köyünün bir çiftliği olarak işlenirken, II. Mahmut Köy topraklarının ondalığını Muhail adında bir Hristiyan’a vakfetmiştir. Köy bu olaydan sonra Yoğunoluk köyünden ayrılarak Vakıflı adını almıştır.
1915 yılında Samandağ Ermeni köylerinin Osmanlı hükümetine karşı başlattıkları isyanın bastırılması sonunda, Ermeni köyleri İngiliz ve Fransız gemileri ile Mısır’ın Port Said limanına götürülmüşlerdi. Birinci dünya savaşı sonrası Osmanlı devletinin yenik sayılması ve 30 Ekim 1918 Yılında yapılan Mondros mütarekesi ile Hatay Fransızlar tarafından işgal edildi. İşgalin 5 haftasına gelindiğinde, Ermeniler Fransızlar tarafından yeniden Hatay’a getirilerek eski köylerine yerleştirildiler.
Fransızlarla yapılan anlaşma son ucunda bir seçim yapıldı. Seçimde Türkiye’yi isteyenler Hatay’da kalırken, Ermenilerin büyük bir bölümlüde, Lübnan ve Suriye’ye göç etiler. Değişik ülkelerde bulunan bazı Ermeni aileleri Hatay’a gelerek Vakıflı köyüne yerleştiler.
Köyden başka yerlerde yaşayan Vakıflı Ermenileri yazları köylerini ziyaret ederek hasret gidermektedirler.
Hatay’ın Samandağ ilçesine 4 km uzaklıkta ve halen “Türkiye’nin Tek Ermeni Köyü” olma özelliğini sürdüren köyümüz; Musa Dağı eteklerindeki Hıdırbey Vadisi’nin doğal devamı niteliğinde, Akdeniz’i tepeden seyreden ve Yayladağı – Suriye sınırına 30 kilometre uzaklıktadır.
Köyümüzünt amamını Ermeni asıllı Türk vatandaşları oluşturmasının yanı sıra köyümüzün diğer bir özelliği de köyde organik tarım yapılıyor olmasıdır. Organik tarımla yetiştirdiğimiz portakal başta olmak üzere narenciye ürünleriyle 2004 yılında Türkiye’ye 1 milyon Euro ihracat geliri kazandırınca, Türkiye Milli Olimpiyat Komitesi (TMOK) tarafından Toplumsal ve Sportif Fair Play Ödülü ile mükâfatlandırıldık.
Köy kilisesi Surp Asdvadzadzin’in (Aziz Meryem Ana) 1997 yılında geniş kapsamlı restorasyonla bugünkü halini aldı. Her yıl kutladığımız Kutsal Doğum (Noel / Surp Dzununt), Kutsal Diriliş(Paskalya / Surp Zadig) ve Meryem Ana’nın Göğe Yükseliş Yortusu (Surp Asdvadzadzin) dini törenlerimizle geleneklerimizi devam ettiriyoruz.
Köyümüz, dünyanın her tarafına yayılmış köyümüzün eski sakinlerinin devamı olan kuşakların, yerli-yabancı turistlerin, ulusal ve uluslar arası medyanın ilgi odağı haline gelmiştir. (Food and Travel 22.09.2008; Gezi Travel 2002). Güzel manzaralı, temiz bir havaya sahip, organik ürünlerin yetiştirildiği ve geleneklerimizi sürdürdüğümüz köyüm
Musa Dağı eteklerine kurulan köy, Akdeniz’e bakmaktadır ve Suriye sınırı göz mesafesindedir. Nüfus yaklaşık 130 Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı Ermeniden oluşmaktadır. Batı Ermenicesinin değişik bir lehçesini konuşan topluluk, bu farktan ötürü diğer Ermenilerle Ermenice olarak anlaşamamaktadır. [kaynak belirtilmeli]
Köy halkının tamamı iyi derecede Ermenice ve Türkçe konuşur. İstanbul ve ABD başta olmak üzere dışarıya göç veren köyün nüfusu giderek azalmaktadır. Bu nedenle köydeki okul kapatılmıştır ve öğrenciler Samandağ merkezindeki okullara gitmek mecburiyetinde kalmışlardır.
Vakıflı Köy, kalanların köyüdür. 1915’te, Hatay’ın Kebusiye (bugünkü adıyla Kapısuyu), Vakıf, Hıdır Bek (bugünkü adıyla Hıdır Bey), Yoğunoluk, Hablak (ismi iki defa değişir, Hacı Habibli ve Eriklikuyu), Bityas (bugünkü adıyla Batı Ayaz veya Teknepınar) ve Yezur (bugünkü adıyla Azir) köylerinin Ermeni halkı, Anadolu’da Ermenilerin başına gelenleri haber alıp kendilerini bu kaderden kurtarmak için dağa çıkma kararı alır.
Yedi köyden yaklaşık 4500 kişi Musa Dağ’a çıkarak 40 gün burada kalır. Sonunda bir Fransız gemisi tarafından kurtarılır ve Mısır’a, Port Said’e götürülürler. Dört sene burada yaşayan Hataylı Ermeniler, daha sonra köylerine dönerler. Ancak, henüz tercihler bitmemiştir Hataylılar için. 1939’a kadar Fransız egemenliğinde olan Hatay’ın bu tarihte Türkiye’ye katılacak olması yeni bir kararın eşiğine getirir bölgedeki Ermenileri. Gidecekler mi, kalacaklar mı? Sonunda, bir grup gitmeye karar verir. Gidenlerden bir kısmı Lübnan’daki Bekaa Vadisi’nde, Vakıflı’ya benzer, Ermenilerden oluşan bir köy kurar: Ayncar. Kalanlar ise, bugün Vakıflı denen köyde toplanır. Ne de olsa artık yedi köyü dolduracak.
